Darul Quran ditubuhkan pada tahun 1966 apabila Perdana Menteri Malaysia yang pertama, Tunku Abdul Rahman Putera Al-Haj melahirkan hasrat untuk mewujudkan sebuah Institut Pengajian al-Quran di Malaysia. Hasrat ini telah dinyatakan sewaktu perasmian Masjid Negara di mana idea ini timbul ekoran daripada Musabaqah Al-Quran yang diadakan semenjak tahun 1960 serta lawatan Rektor Universiti Al-Azhar Sheikh Mahmud Syaltut di perasmian Masjid Negara tersebut.

Sebagai permulaan, Maahad Tahfiz Al-Quran Wal-Qiraat ditubuhkan sebagai salah satu unit di Bahagian Hal Ehwal Islam, Jabatan Perdana Menteri, Kuala Lumpur. Dengan penubuhan tersebut maka bermulalah pengajian dalam bidang Tahfiz al-Quran di Dewan Syarahan Masjid Negara pada 1 Mac, 1966 dengan bilangan pelajar pada masa itu seramai 8 orang sebagai perantis yang dipilih dan dihantar oleh negeri-negeri di Malaysia.

Dari tahun 1966 hingga tahun 1978 pengajian ini diletakkan di bawah kelolaan Jawatankuasa Tadbir Masjid Negara dan Urusetia Majlis Kebangsaan Bagi Hal Ehwal Ugama Islam Malaysia, pada tahun 1972 dan ianya diberi nama “Maahad Tahfiz Al-Quran Wal-Qiraat”.

Awal tahun 1979, Maahad Tahfiz diletakkan pula di bawah kelolaan Pusat Penyelidikan Islam, Bahagian Ugama, Jabatan Perdana Menteri sehingga tahun 1980. Selepas itu Maahad Tahfiz dipindahkan ke Bangunan JKR 588/33, Jalan Chenderasari, Kuala Lumpur dan dan kemudiannya diletakkan di bawah kelolaan Institut Dakwah dan Latihan Islam (INDAH) Bahagian Ugama, Jabatan Perdana Menteri sehingga tahun 1983.

Sehinggalah pada tahun 1984, Maahad Tahfiz telah lahir sebagai sebuah Cawangan di Bahagian Agama, Jabatan Perdana Menteri dengan organisasinya yang tersendiri.

Pada Tahun 1992 Maahad Tahfiz kemudiannya dipindahkan ke Taman Tun Dr. Ismail bagi penempatan pelajar lelaki dan pelajar perempuan pula ditempatkan di Jalan Ledang. Pada Tahun 1994, pelajar perempuan kemudiannya dipindahkan ke Taman Tun Dr. Ismail, manakala pelajar lelaki dipindahkan ke Batu 14, Sg. Semungkus, Hulu Langat, Selangor.

Pada tahun 1997, Maahad Tahfiz Al-Quran Wal-Qiraat telah dinaikkan taraf sebagai salah satu bahagian di Jabatan Kemajuan Islam Malaysia (JAKIM) dan diberi nama Darul Quran. Akhirnya pada 1 November 1998, Darul Quran ditempatkan ke kampus tetap di Kompleks Darul Quran di Ampang Pecah, Kuala Kubu Bharu, Selangor.